U uzorku stolice moguće je izolirati i testirati osjetljivost na antibiotike slijedećih bakterija:
Salmonella spp.
Shigella spp.
Yersinia enterocolitica
Campylobacter spp.
enteropatogene Escherichiae coli
Vibrio spp.
U stolici je moguće dokazati antigen Helicobacter pylori i toxin Clostridium difficile (toxin A i B)

Od virusa moguće je dokazati:
Rotavirusi
Adenovirusi
Norovirusi- isključivo po preporuci epidemiologa

Pretraga stolice na jajašca crijevnih parazita te ciste crijevnih protozoa- nativni preparat, MIFC metoda
Perianalni otisak- Enterobius vermicularis
Identifikacija ličinki crijevnih nematoda (Strongyloides stercoralis, Ancylostoma duodenalae)
Mikroskopska pretraga stolice na Cryptosporidium spp.
Mikroskopija i kultivacija Trichomonas vaginalis iz urina, genitalnih briseva, brisa uretre i ejakulata
Krvni razmaz i gusta kap na Plasmodium, Babesia, mikrofilarije

Izolacija i identifikacija različitih vrsta kvasaca i plijesni iz različitih kliničkih uzoraka
Testiranje osjetljivosti kvasaca na antimikotike ( E-testovi)
Direktan mikroskopski preparat i kultura strugotina kože, nokta i kose na dermatofite